Awalnya sekolah ini adalah kelas jauh SMIP Badung/SMK PGRI 1 Badung, yang KBM nya menggunakan gedung belajar dan tempat praktek di SMKN 4 Denpasar
Mengingat animo yang begitu besar, maka beberapa staf SMKN 4 Denpasar mencoba membuat terobosan baru hingga mencapai hasil yaitu berdirinya SMK PGRI 3 Denpasar dengan SK/Ijin Operasional Nomor 38/I.19.H/MN/2000 tertanggal 24 Januari 2000
Tahun 2003 mengontrak tanah seluas 4 are dan membangun 4 ruang belajar, kantin sekolah, ruang osis, padmasana dan semua fasilitas pendukungnya.
Berdasarkan SK Kepala Dinas Pendidikan Bali No. 420/263/Dispendik tertanggal 15 Nopember 2003 SMK PGRI 3 Denpasar dinyatakan sebagai sekolah yang berstatus DISAMAKAN.
Tahun pelajaran 2004/2005 sekolah kembali menyewa tanah seluas 4 are dan membangun 2 kamar praktek, lobby, Front Office, kantin, ruang Kasek, ruang Wakasek, ruang guru, lab. Komputer, dan ruang TU.
Tahun pelajaran 2006/2007 sekolah melakukan over kontrak tanah seluas 12 are. Di areal ini dibangun 2 ruang teori, Lab. komputer, Kitchen, ruang praktek Tata hidang, Ruang TU, Laundry, dan Restoran Jempiring
Berdasarkan SK Badan Akreditasi Provinsi Bali pada tahun 2006 Program Keahlian Akomodasi Perhotelan dan Restoran dinyatakan Terakreditasi Amat Baik.
Tahun 2008 sekolah menyewa tanah seluas 4 are, dan pada bulan Mei 2009 langsung dibangun gedung berlantai 2 yang meliputi 6 ruang belajar, ruang perpustakaan/media, ruang Kasek, ruang guru piket/ruang tamu, ruang tata usaha, padmasana, ruang penerimaan spp, dan kamar mandi siswa.
Guna memberikan pelayanan terbaik, tahun 2010 ini sekolah menyewa tanah seluas 15 are dan membangun 19 R. Belajar, 1 Lab Bahasa, 1 Kitchen, 1 R. Tata Hidang, 1 R. UKS, 1 R. Guru, 2 kantin, 1 ruang administrasi, 1 R. Waka, dan lapangan.
Untuk Tahun 2014/2015 SMK PGRI 3 Denpasar membangun Kembali Gedung Baru di timur dengan gedung berlantai 3, rencananya akan dibangun fasilitas kitchen dan restaurant tembus pandang. Kemudian akan dibangun lab bahasa dan ruang kelas
Pada tahun 2018 kembali SMK PGRI 3 Denpasar membangun gedung lantai 3 dilengkapi dengan semua fasilitas sekolah dengan luas tanah 11 are. Prestasi cukup menggembirakan baik tingkat YPLP Dikdasmen PGRI Kota Denpasar, Kab/Kota, Provinsi bahkan Nasional
Mutu pendidikan, kelengkapan sarana prasarana, fasilitas penunjang, dan SDM yang dimiliki terus ditingkatkan baik melalui swadaya maupun dari bantuan yang ada.
Bantuan yang diterima diantaranya :
- Bantuan pengadaan alat praktek tata hidang dari Pemkot Denpasar
- Bantuan School Grant 2005, 2006.
- Bantuan alat praktek/media pmbelajaran tahun 2009Bantuan BOMM dari tahun 2007 sampai 2011
- Bantuan BOP tahun 2010, 2011
- BOS 2014, 2015, 2016, 2017, 2018
Waktu belajar :
Pagi dan siang uProgram keahlian yang ada yaitu :
- Akomodasi perhotelan sejak tahun 2000, dan
- Tata boga sejak tahun 2002.